Universitas Merdeka Pasuruan didirikan pada tanggal 13 Mei 1985 sedangkan Fakultas Pertanian, khususnya program studi Budi Daya Pertanian dan resmi mendapatkan status terdaftar pada tanggal 9 April 1987 berdasarkan SK Mendikbud No. 0199/O/1987. Didirikannya Fakultas Pertanian merupakan salah satu syarat untuk berdirinya suatu Universitas yaitu selain adanya fakultas non eksak juga wajib ada sedikitnya satu fakultas eksak. Mengingat bahwa Pasuruan merupakan daerah agraris dan juga terdapat Pusat Penelitian Gula Indonesia yang memiliki banyak tenaga ahli di bidang pertanian, maka didirikanlah Fakultas Pertanian dengan tujuan untuk mendidik lulusan Sekolah Menengah Umum maupun kejuruan menjadi Sarjana Pertanian yang mandiri. Sejak tahun 2008, berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor: 163/DIKTI/Kep/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi di Perguruan Tinggi, Fakultas Pertanian UNMER Pasuruan mengganti nama program studi Budidaya Pertanian menjadi Agroteknologi.

Berdasarkan SK Mendiknas No. 232/U/2000 dan No. 045/U/2002 tentang Penyusunan Kurikulum dan Kurikulum Inti, maka Program Sarjana Ilmu Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan menyesuaikan dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan kebutuhan akan sarjana pertanian dengan kategori yang diinginkan oleh masyarakat. Fakultas Pertanian sejak awal juga telah menerapkan Sistem Kredit Semester sehingga memungkinkan mahasiswa yang cerdas lulus dengan waktu lebih singkat dari waktu studi empat tahun yang diterapkan. Kurikulum selalu berkembang mengikuti perkembangan teknologi dan regulasi yang berlaku.

Pembina mata kuliah pada saat awal berdirinya sampai dengan tahun 1990 adalah staf peneliti P3GI dan beberapa dosen tetap. Pada tahun 1990 Fakultas Pertanian memiliki enam orang dosen tetap dan pada tahun 1994 mendapat tambahan 1 tenaga pengajar DPK dan beberapa luar biasa yang berasal dari lembaga pemerintah daerah. Pada tahun 1999/2000 ada penambahan 1 dosen DPK sehingga jumlah dosen sampai tahun 2002/2003 adalah 12 dosen tetap Yayasan, terdiri dari 5 orang S1, 4 orang S2 dan 1 orang S3, 2 tenaga pengajar DPK (S2). Setelah tahun 2002/2003 terjadi beberapa kali perubahan dosen, baik jumlah maupun kualifikasinya karena ada tenaga pengajar yang mengundurkan diri atau menyesuaikan dengan kebutuhan kurikulum yang berlaku. Sampai tahun 2012/2013 jumlah tenaga tetap Yayasan 9, terdiri dari 1 orang S3, 5 orang S2, 3 orang S1; dosen DPK 2 orang S2 dan dosen tidak tetap 7 orang, terdiri dari 6 orang S2, 1 orang S1. Jumlah karyawan administrasi sebanyak 3 orang terdiri dari 1 orang S1, 1 orang D1 dan 1 orang SMA. Saat ini, pada tahun akademik 2023/2024 jumlah dosen tetap Yayasan sebanyak 6 orang, dosen DPK 1 orang, dosen tidak tetap 2 orang.

Fakultas Pertanian dipimpin oleh seorang Dekan dengan dua orang Pembantu Dekan. Dekan Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan sejak berdiri sampai dengan sekarang sebagai berikut :

1. Dr. Ir. H. Boedijono Wirioatmodjo (1985 – 1987)
2. Dr. Ir. Gunawan Sukarso, M.Sc. (1987 – 1990)
3. Dr. Ir. Gading F. Hutasoit, M.Sc. (1990 – 1992)
4. Ir. Moh. Hanafi, Sk. (1992 – 1997)
5. Ir. Rusprasita Yulistyaningrum, MP (1997 – 1998)
6. Ir. Sri Ustanti Wahyuningsih (1998 – 2004)
7. Ir. Bambang Sutikno, MM. (2004 – 2012)
8. Ir. Sulistyawati, M.P. (2012 – 2018)
9. A. Zainul Arifin, S.P., M.P. (2018 – Sekarang)