Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan didirikan pada bulan April 1985 dan resmi mendapatkan status terdaftar pada tanggal 9 April 1987 berdasarkan SK Mendikbud No. 0199/O/1987. Didirikannya Fakultas Pertanian merupakan salah satu syarat untuk berdirinya suatu Universitas yaitu selain adanya fakultas non eksak juga wajib ada sedikitnya satu fakultas eksak. Mengingat bahwa Pasuruan merupakan daerah agraris dan juga terdapat Pusat Penelitian Gula Indonesia yang memiliki banyak tenaga ahli di bidang pertanian, maka didirikanlah Fakultas Pertanian dengan tujuan untuk mendidik lulusan Sekolah Menengah Umum maupun kejuruan menjadi Sarjana Pertanian yang mandiri.
Pada awal berdirinya, Fakultas Pertanian hanya memiliki satu jurusan yaitu Agronomi yang sekarang berdasarkan SK Mendikbud No. 0411/U/1984 tentang Kurikulum Program Sarjana Pertanian yang berlaku secara Nasional, namanya berubah menjadi jurusan Budidaya Pertanian.
Berdasarkan SK Mendiknas No. 232/U/2000 dan No. 045/U/2002 tentang Penyusunan Kurikulum dan Kurikulum Inti, maka Program Sarjana Ilmu Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan menyesuaikan dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan kebutuhan akan sarjana pertanian dengan kategori yang diinginkan oleh masyarakat. Fakultas Pertanian sejak awal juga telah menerapkan Sistem Kredit Semester sehingga memungkinkan mahasiswa yang cerdas lulus dengan waktu lebih singkat dari waktu studi empat tahun yang diterapkan.
Sejak tahun 2008, berdasarkan SK Dirjen Dikti nomor 163/DIKTI/Kep/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi di Perguruan Tinggi, Fakultas Pertanian UNMER Pasuruan mengganti program studi Budidaya Pertanian menjadi Agroteknologi.
Pembina mata kuliah pada saat awal berdirinya sampai dengan tahun 1990 adalah staf peneliti P3GI dan beberapa tenaga pengajar tetap. Pada tahun 1990 Fakultas Pertanian memiliki enam orang tenaga pengajar tetap dan pada tahun 1994 mendapat tambahan dua tenaga pengajar tetap sampai dengan tahun akademik 1995/1996 Fakultas Pertanian memiliki tenaga pengajar tetap Yayasan, 1 tenaga pengajar DPK dan 12 tenaga pengajar luar biasa yang berasal dari dinas lembaga penelitian pemerintah daerah dan perguruan tinggi negeri.
Pada tahun 1999/2000 ada penambahan 1 tenaga pengajar DPK dan 15 tenaga pengajar luar biasa, sehingga jumlah tenaga pengajar sampai tahun 2002/2003 adalah 12 tenaga pengajar tetap Yayasan terdiri dari 5 orang S1, 4 orang S2 dan 2 orang S3, 2 tenaga pengajar DPK (S2) dan 27 tenaga pengajar luar biasa terdiri dari 17 orang S1, 9 orang S2 dan 1 orang S3.
Setelah tahun 2002/2003 terjadi beberapa kali perubahan tenaga pengajar, baik jumlah maupun kualifikasinya karena ada tenaga pengajar yang mengundurkan diri atau menyesuaikan dengan kurikulum yang berlaku. Sampai tahun 2012/2013 jumlah tenaga tetap Yayasan 9, terdiri dari 1 orang S3, 5 orang S2, 3 orang S1; tenaga pengajar DPK 2 orang (S2) dan tenaga pengajar Luar Biasa 7 orang, terdiri dari 6 orang S2, 1 orang S1. Jumlah karyawan administrasi sebanyak 3 orang terdiri dari 1 orang S1, 1 orang D1 dan 1 orang SMU. Fakultas Pertanian dipimpin oleh seorang Dekan dengan dua orang Pembantu Dekan.
Dekan Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan sampai dengan sekarang adalah sebagai berikut :
1. Dr. Ir. H. Boedijono Wirioatmodjo (1985 – 1987)
2. Dr. Ir. Gunawan Sukarso, M.Sc. (1987 – 1990)
3. Dr. Ir. Gading F. Hutasoit, M.Sc. (1990 – 1992)
4. Ir. Moh. Hanafi, Sk. (1992 – 1997)
5. Ir. Rusprasita Yulistyaningrum, MP (1997 – 1998)
6. Ir. Sri Ustanti Wahyuningsih (2000 – 2004)
7. Ir. Bambang Sutikno, MM. (2009 – 2013)
8. Ir. Sulistyawati, M.P. (2012 – 2017)
Sampai dengan tahun akademik 2012/2013 Fakultas Pertanian telah meluluskan Sarjana S-1 Reguler sebanyak 198 orang.