Organisasi dan tata hubungan kerja di Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan telah disesuaikan dengan peraturan Pemerintah Nomor 5 tahun 1980, tentang Pokok-pokok Organisasi Universitas/Institut Negeri, yang kemudian di sempurnakan sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 60 tahun 1999 dan Keputusan Mendikbud No. 284/U/1999.
Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan di pimpin oleh seorang Dekan yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor. Dalam melaksanakan tugasnya, Dekan dibantu oleh staf yang terdiri atas Pembantu Dekan I (Bidang Akademik), Pembantu Dekan II (Bidang Administrasi Umum) dan Pembantu Dekan III (Bidang kemahasiswaan).
Menurut Peraturan Pemerintah No. 60 tahun 1999 tugas Dekan adalah memimpin penyelenggaraan Pendidikan Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat, membina tenaga pendidikan, mahasiswa dan tenaga administrasi Fakultas. Masa jabatan Dekan dan Pembantu Dekan adalah 4 (empat) tahun dan dapat diangkat kembali dengan ketentuan tidak boleh lebih dari dua kali masa jabatan berturut-turut.
Unsur pelaksana akademik pada Fakultas Pertanian yang melaksanakan pendidikan akademik dan/atau profesional dalam sebagian atau satu cabang umum pengetahuan, teknologi dan atau kesenian tertentu disebut jurusan. Dalam jurusan dibentuk laboratorium terdapat dua unsur di jurusan yaitu unsur pimpinan adalah Ketua Jurusan dan Sekretaris Jurusan serta unsur pelaksana akademik yaitu para dosen. Pada Fakultas Pertanan UNMER Pasuruan hanya terdapat satu jurusan/satu program studi, yaitu Agroteknologi.