Organisasi dan tata hubungan kerja di Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan telah disesuaikan dengan peraturan Pemerintah Nomor 5 tahun 1980, tentang Pokok-pokok Organisasi Universitas/Institut Negeri, yang kemudian di sempurnakan sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 60 tahun 1999 dan Keputusan Mendikbud No. 284/U/1999.
Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan di pimpin oleh seorang Dekan yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor. Dalam melaksanakan tugasnya, Dekan dibantu oleh staf yang terdiri atas Wakil Dekan I (Bidang Akademik), Wakil Dekan II (Bidang Administrasi Umum) dan Wakil Dekan III (Bidang kemahasiswaan).
Menurut Peraturan Pemerintah No. 60 tahun 1999 tugas Dekan adalah memimpin penyelenggaraan Pendidikan Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat, membina tenaga pendidikan, mahasiswa dan tenaga administrasi Fakultas. Masa jabatan Dekan dan Pembantu Dekan adalah 4 (empat) tahun dan dapat diangkat kembali dengan ketentuan tidak boleh lebih dari dua kali masa jabatan berturut-turut.
Unsur pelaksana akademik pada Fakultas Pertanian yang melaksanakan pendidikan akademik dan/atau profesional dalam sebagian atau satu cabang umum pengetahuan, teknologi dan atau kesenian tertentu disebut jurusan. Dalam jurusan dibentuk laboratorium terdapat dua unsur di jurusan yaitu unsur pimpinan adalah Ketua Jurusan dan Sekretaris Jurusan serta unsur pelaksana akademik yaitu para dosen.
Penyelenggaraan pendidikan tinggi dapat berupa pendidikan akademik dan pendidikan profesional. Pendidikan akademik mengutamakan peningkatan mutu dan memperluas wawasan ilmu pengetahuan dan terkait dengan gelar Program Sarjana, program Pasca Sarjana (Magister) dan Program Doktor.
Tujuan umum dari program gelar pada Fakultas Pertanian adalah memberikan pengalaman belajar menuju suatu keahlian akademik dalam bidang pertanian. Jenjang yang ada di Fakultas Pertanian Universitas Merdeka Pasuruan adalah Program Sarjana (Strata 1 – S1).
Program ini mempunyai beban studi kumulatif sebesar 144 sampai 160 SKS dengan lama studi 8 sampai 14 semester. Pada saat ini terdapat satu program studi yaitu program studi Agroteknologi.